Enstitü 1935 yılında Merinos Yetiştirme Çiftliği ismi altında Karacabey Harası bünyesinde kurulmuştur. (02.05.1926 tarihinde çıkarılan 867 sayılı Ziraat Vekaletine merbut bazı Mektep ve Müesseselerin sureti idaresi Hakkında Kanun ve İntişar tarihi 15.07.1934 olan 2582 sayılı Merinos Koyunları Yetiştirilmesi ve Islah Edilmiş Pamuk Tohumu Üretilmesi hakkında kanun ) 1943 yılında Bandırma bölgesine nakledilmiştir. Arazi önceleri Franz Morris Filipson vareselerine ait Tekfur çiftliği adı ile anılırken 1943 yılında Tarım Bakanlığınca istimlak edilmiştir.
1949 yılında Karacabey Harasında açılan Batı Anadolu Atçılık Islah Kurumu 1952 yılında Merinos Yetiştirme Çiftliği arazisine nakledilmiştir. 1972 yılında veteriner Zootekni Araştırma Enstitüsü kurulmuştur. Bakanlığımızın teşkilat ve görevleri hakkındaki 3161 sayılı kanun çerçevesinde Bakanlığımızca yapılan yeniden düzenleme ile 1 Mayıs 1987 tarihinde konu araştırma enstitüsü halinde Koyunculuk Araştırma Enstitüsü kurulmuştur. Merinos Yetiştirme Çiftliği yeni kuruluşa Döner Sermaye İşletmesi olarak devredilmiştir. Daha sonra 1 Mart 1998 tarihinde Kuruluşumuz Marmara Hayvancılık Araştırma Enstitüsü adı altında yeniden yapılandırılmıştır.
Enstitümüz, ülkesel ve Güney Marmara bölgesinde büyükbaş, küçükbaş ve küçükevcil hayvancılık konularında temel ve stratejik araştırmalar yaparak hayvanlardan elde edilen verimleri ıslah ve yetiştirme araştırmaları ile geliştirmek, yün ve yapağı kalitesini iyileştirmek, çayır mera amenajmanı, yem bitkileri, yemler ve hayvan besleme, hayvan genetik kaynaklarını korumak, organik hayvancılık, hayvan barınakları ve refahı ile sosyoekonomik araştırmaları yaparak, hayvancılık konusunda veri toplama, değerlendirme ve biyoteknolojinin hayvancılık araştırmalarında kullanılması amacı ile çalışma konuları kapsamında laboratuar imkanlarını geliştirmek, literatür temin etme, eğitim yaptırma ve yayın yapmak görevleri arasındadır.
Enstitümüz ülkesel görev alanı kapsamında ülkenin tamamı ile bölgesel görev alanı içinde Balıkesir, Bursa, Bilecik, Çanakkale, Sakarya, Kocaeli, Tekirdağ, Kırklareli, Edirne, Manisa, İzmir, Aydın, Denizli, Muğla illerinde bu görevleri yerine getirirken çağdaş bilgi ve teknolojiler doğrultusunda üniversite, ilgili hayvancılık kurumları ve özel sektör kuruluşları çok disiplinli araştırma projeleri ile hayvancılık sorunlarına farklı çözümler geliştirmek amacını hedeflemektedir.
